честно говоря не знаю чем руководствуются ФМС, все что нашел:
ФЗ О статусе ст 15
3. Военнослужащие - граждане, проходящие военную службу по контракту, и члены их семей, прибывшие на новое место военной службы военнослужащих - граждан, до получения жилых помещений по нормам, установленным федеральными законами и иными нормативными правовыми актами Российской Федерации, регистрируются по месту жительства, в том числе по их просьбе по адресам воинских частей. Указанным военнослужащим - гражданам и членам их семей до получения жилых помещений предоставляются служебные жилые помещения, пригодные для временного проживания, жилые помещения маневренного фонда или общежития.
Но нет и запрета на регу по месту пребывания
Приказ ФМС РФ от 20.09.2007 N 208
(ред. от 23.12.2009)
"Об утверждении Административного регламента предоставления Федеральной миграционной службой государственной услуги по регистрационному учету граждан Российской Федерации по месту пребывания и по месту жительства в пределах Российской Федерации"
Регистрация по месту пребывания
и по месту жительства некоторых категорий граждан
70. При регистрации военнослужащих, проходящих военную службу по контракту, и членов их семей, прибывших на новое место военной службы, по адресам дислокации воинских частей в оттиске штампа о регистрации по месту жительства, адресных листках прибытия и в пункте 8 листка статистического учета прибытия по форме N 12П (приложение N 12 к Регламенту) указывается адрес воинской части без ссылки на ее номер (наименование).
(в ред. Приказа ФМС РФ от 23.12.2009 N 364)
но и тут ничего не запрещает
приказ ФМС приаттачиваю, может кто найдет где что запрещает регать по месту пребывания
Добавлено спустя 30 минут 46 секунд:
вот еще нашел превоисточник для ФМС
Постановление Правительства РФ от 17.07.1995 N 713
(ред. от 21.05.2012)
"Об утверждении Правил регистрации и снятия граждан Российской Федерации с регистрационного учета по месту пребывания и по месту жительства в пределах Российской Федерации и перечня должностных лиц, ответственных за регистрацию"
IV. Регистрация некоторых категорий граждан по месту
пребывания и по месту жительства
23. Регистрация военнослужащих осуществляется:
по месту их жительства - на общих основаниях (за исключением солдат, матросов, сержантов и старшин, проходящих военную службу по призыву);
по месту пребывания - при наличии отпускного билета или командировочного удостоверения (если срок отпуска или командировки превышает 90 суток).
(в ред. Постановления Правительства РФ от 28.03.2008 N 220)
Военнослужащие, поступившие на военную службу по контракту, а также офицеры, проходящие военную службу по призыву, и члены их семей до получения жилых помещений регистрируются органами регистрационного учета по месту дислокации воинских частей в установленном порядке.
24. Граждане, не имеющие регистрации по месту жительства, регистрируются по месту пребывания в порядке, установленном настоящими Правилами.