ведь она заключала контракт с министерством обороны в лице командира части, и неважно что часть расформировали и округ переименовали(командиры тоже часто меняются), министерство обороны ведь "на месте"!
Правильно. Согласно Положения о прохождении военной службы оснований для увольнения вашей жены нет, иначе как по окончании контракта. Для увольнения по ОШМ требуется её отказ от предлагаемых должностей или рапорт с просьбой уволить по ОШМ. Следовательно для продолжения военной службы она обязана изъявить желание продолжить прохождение военной службы, то есть написать рапорт с просьбой заключить с ней контракт о прохождении военной службы. Если жену во время отпуска и так вызывают на службу, то стоит рапорт уже и подать (рапорт подаётся не ранее, чем за 4 месяца до истечения текущего контракта и не позже окончания контракта, но в вашем случае последним сроком является окончание отпуска - и я бы не рекомендовал дожидаться последнего дня, что бы судья не задавал глупых вопросов: а о чём вы думали раньше?). По процедуре - для надёжности это делается так: жена пишет рапорт на имя лица, в распоряжение которого выведена, идёт к нотариусу, нотариус переносит текст на свой бланк и заверяет рапорт, жена просит оформить две нотариально заверенные копии рапорта (итого 600 рублей), нотариально заверенный рапорт почтой ценным письмом с описью вложения (в описи прописывается, что вложен рапорт о подписании контракта, заверен у нотариуса такого за номером таким-то) и уведомлением о вручении отсылается на адрес воинской части командиру; по истечении месяца подаётся в суд, суд выигрывается, контракт подписывается. На форуме встречались случаи, когда до суда дело и не доходило, подписывался контракт и так. Главное иметь на руках доказательства, по этому не ленитесь платить нотариусам и почте и собирать максимальное количество бумажек (и хранить их как зеницу ока).
я считаю что они должны продлить контракт!!! а они говорят обратное
Любой начальник и юрист части будут говорить то, что они говорят. Но это не означает, что их слова (подчёркиваю - слова) имеют правовую основу. Давайте думать, что им приказали так говорить (ну не хочется о людях думать плохо, тем более они преследую государственные интересы сокращения бюджетных расходов).
3)скажите какие шансы у нее остаться в армии и что можно сделать в такой ситуации?
После (или параллельно) подписания контракта искать место. Объяснить своему командованию, что увольняться не намерена и командование обречено искать ей место или держать в распоряжении до истечения предельного возраста. Есть, правда, у командования возможность избавиться от вашей жены, например подвести под невыполнение условий контракта. Или провести аттестацию о потери вашей женой квалификации за время отпуска (что в общем-то лечится - упреждающим рапортом с просьбой для восстановления квалификации направить на курсы переподготовки).
4) я намерен подавать в суд, есть ли варианты выиграть?
Выигрыш по подписанию контракта однозначный при грамотной формулировке заявления в суд и проведении досудебной тяжбы - изучите соответствующие ветки форума. По назначению на должность судиться пока рановато, надо отыскать где нибудь освобождающуюся должность, написать рапорт с просьбой туда назначиться, а затем уже опротестовывать отказ.
По поиску должности: так как в войсковой части командира, у которого жена в распоряжении, должностей нет, то стоит написать рапорт вышестоящему командованию с просьбой предоставить должность. Слышал о телефонограмме по набору в зенитно-ракетные войска со всех родов войск. Рапорт тоже стоит уже запустить, так как ответа может не поступить и придётся в судебном порядке добиваться ответа (срок на ответ - 1 месяц). Если не хотите назначаться в другой регион, то находясь в распоряжении можете после предложения таких должностей от них отказаться и уволиться по ОШМ (устроиться в течении года в другие органы, где предусмотрена военная служба без потери надбавок за выслугу лет).
Как тогда быть? Из чего исходить при определении времени окончания ОШМ?
При этом дата окончания организационно-штатных мероприятий, установленая в приказе командира воинской части, не может быть позже даты, указанной в правовом акте Министерства обороны Российской Федерации о проведении организационно-штатных мероприятий, на срок более двух месяцев. 
