"Беглый" просмотр упомянутых в проекте отмененных (или измененных) Указов Президента, касающихся непосредственно военнослужащих МО РФ позволяет сделать вывод:
1. Указ Президента от 30 сентября 2004 г. № 1258 «Вопросы денежного довольствия военнослужащих» . Отменено процентное соотношение окладов по некоторым типовым воинским должностям военнослужащих, проходящих военную службу по контракту к размеру оклада заместителя федерального министра. К примеру, оклад командира батальона должен был составлять 45-46% от оклада заместителя МО.
2. Утратил силу Указ Президента от 29 декабря 2001 г. № 1509 «О дополнительных мерах по материальному стимулированию некоторых категорий военнослужащих», по которому военнослужащим, проходящим военную службу по контракту, замещающим воинские должности командиров воинских подразделений и воинских частей и имеющим в подчинении личный состав, выплачивалась ежемесячная надбавка за командование (руководство) воинскими подразделениями и воинскими частями.
3. Утратил силу Указ Президента от 1 июня 2002 г. № 537 «О денежном довольствии военнослужащих», который устанавливал Табель соответствия воинских званий и окладов военнослужащих, проходящих военную службу по контракту, квалификационным разрядам государственных служащих. К примеру, подполковник соответствовал государственному советнику Российской Федерации 3 класса.
Вывод: таким образом, нас касается: убирается надбавка за л/с и юридически обосновывается новая система денежного довольствия военнослужащих, не привязанная к заработной плате государственных служащих.
Повторюсь, анализ поверхностный, возможны ошибки или неправильное понимание!!!

- Ну, раз уж вы больше ничего не хотите...
- А что, разве ещё что-то осталось?