это обязанность воина, предоставить для простоновки вышеуказанные документы
Если военнослужащий не представит отпускной коменданту, то его на учёт не поставят. А вот ставить или нет отметку об учёте - решает не военнослужащий, а комендант. Где гарантия, что комендант поставит отметку? То, что по НПА комендант обязан поставить отметку, это понятно, но у нас многое из того, что предусмотрено НПА, не делается. Или мы будем исключать возможность назначения на должность коменданта самодура?
Это я всё к тому, что именно "сделать отметки" обязанности у военнослужащего нет, есть обязанность встать на учёт. Следовательно, при отсутствии необходимости отчитываться за ВПД или просить компенсацию проезда (где приказами МО определена процедура предъявления отметок о постановке на учёт) командир части за наличие отметок должен спрашивать не с военнослужащего, а с коменданта того населённого пункта, куда направлял военнослужащего в отпуск. И случаи запросов в комендатуры о постановке на учёт у них конкретных военнослужащих я знаю.