QR_BBPOST  Если я правильно понимаю то 25 января истекает срок 3 месяца для подачи заявления в суд ? 
 
в свете некоторых весьма спорных судебных решений да, я бы не затягивал с обращением в суд
QR_BBPOST Нарушение длящееся. Срока вообще нет.
 
увы, это в учебнике, а в жизни иначе, особенно последнее время 
QR_BBPOST Является не дача ответа на обращение в установленные сроки отказом в удовлетворении просьбы? 
 
нет
обжаловать бездействие, требуя принять решение по обращению(дать ответ, зависит от того с чем обратились)
это ваше прво, хотеть
QR_BBPOST  А так вроде отказа нет, соответственно уволиться в связи с отказом командования через суд не могу.
 
требование в административном исковом заявлении: обязать принять решение по рапорту пупкина от такого то числа их образумит
только поймите такого понятия как командование не будет, будет весьма конкретный товарищ - должностное лицо, например командир войсковой части, если до него ваш рапорт дошел
всё пройдёт, пройдёт и это.