Зачем приписывать свои мысли другим? Ну что за проблема в письменном оформлении УЖЕ СУЩЕСТВУЮЩИХ ПРАВООТНОШЕНИЙ  ? Какой новый договор? 
О необходимости договора  правильно предположил  sharbus
А как это осуществить? Вот в чем вопрос.
ФМС на основании ордера регистрацию не осуществляет. Только на основании письменного договора найма.
Надо идти и заключать договор. Вот и все.
и   эта мысль очень убедительна,я с ней согласна, потому что:
 Во - первых - 
ПП 713 17.7.95 III. 16. Гражданин, изменивший м ж, обязан  и представить:
документ, удостоверяющий личность; заявление установленной формы о регистрации по месту жительства;ДОКУМЕНТ, являющийся в соответствии с жилищным законодательством РФ основанием для вселения в жилое помещение.
во вторых:       
з-Н 5242-1 ОТ 25.6.93  Статья 6. Гражданин РФ, изменивший м ж, обязан ...При этом предъявляются:
паспорт или иной заменяющий его документ, удостоверяющий личность гражданина;
ДОКУМЕНТ, являющийся основанием для вселения гражданина в жилое помещение (ордер, ДОГОВОР, заявление лица, предоставившего гражданину жилое помещение, или иной документ), или его надлежаще заверенная копия.
без документально отраженных изменений в договор в части появления нового члена семьи фмс регистрацию не осуществит
Добавлено спустя 28 секунд:
Загляните в ЖК Российской Федерации  ....Наниматель служебного ЖП не обладает правом вселять в это жилое помещение никого... 
Кроме жк можно в Пост. Пленума ВС  заглянуть
Пост. Пленума ВС РФ от 2 июля 2009 г. N 14 пункт 41д) в договоре найма специализированного жилого помещения указываются члены семьи нанимателя (часть 6 статьи 100 ЖК РФ). Принимая во внимание, что типовыми договорами найма специализированных жилых помещений нанимателю предоставлено право пользоваться жилым помещением вместе с членами семьи, он вправе вселить в это жилое помещение других лиц в качестве членов своей семьи с соблюдением требований, установленных статьей 70 ЖК РФ;
Статья 70. ЖК :п 2. Вселение в жилое помещение граждан в качестве членов семьи нанимателя влечет за собой изменение соответствующего договора социального найма жилого помещения в части необходимости указания в данном договоре нового члена семьи нанимателя.
.