Если читать дословно, 
Ну, давайте почитаем ещё раз:
1.2. 
Военнослужащие, проходящие военную службу по контракту, 
при переводе на новое место военной службы и 
увольнении с военной службы, кроме того, имеют право на перевоз на безвозмездной основе до 20 тонн личного имущества в контейнерах от прежнего места жительства на новое железнодорожным транспортом, а там, где нет железнодорожного транспорта, - другими видами транспорта (за исключением воздушного). В случае перевоза личного имущества в отдельном вагоне, багажом и мелкой отправкой им возмещаются фактические расходы, но не выше стоимости перевоза в контейнере массой 20 тонн.
Следите за последовательностью 

  Статус военнослужащего - в наличии; пока права на перевоз нет - перевёз вещи к ИМЖ за свой счёт; получил приказ об увольнении - появилось право на перевоз на безвозмездной основе; предъявил документы к оплате, либо взял справки о неиспользовании ВПД и после увольнения - оплата через ВК. В чём проблема? 
9. 
Расходы, связанные с перевозкой военнослужащих, граждан, уволенных с военной службы, членов их семей 
и перевозом личного имущества железнодорожным, воздушным, водным и автомобильным (за исключением такси) транспортом, бронированием мест в гостиницах при направлении военнослужащих в служебные командировки, 
возмещаются за счет средств Министерства обороны Российской Федерации (иного федерального органа исполнительной власти, в котором федеральным законом предусмотрена военная служба) 
в порядке, определяемом Правительством Российской Федерации.
ПП-354:
3. Министерству обороны Российской Федерации и иному федеральному органу исполнительной власти, в котором предусмотрена военная служба, 
возмещать расходы, связанные с перевозом до 20 тонн личного имущества в универсальных контейнерах железнодорожным транспортом, а там, где нет железнодорожного транспорта, другими видами транспорта (за исключением воздушного) при переездах с прежнего места жительства на новое:
военнослужащих, проходящих военную службу по контракту, - 
в связи с переводом к новому месту военной службы или 
переездом к новому месту жительства при увольнении с военной службы;
членов семей военнослужащих - граждан - при переезде к избранному месту жительства в связи со смертью (гибелью) военнослужащего.
6. Министерству обороны Российской Федерации и иному федеральному органу исполнительной власти, в котором предусмотрена военная служба, 
возмещать расходы военнослужащих, граждан, уволенных с военной службы, и членов их семей (близких родственников), 
имеющих право на проезд и 
перевоз личного имущества на безвозмездной основе, 
при приобретении ими проездных и перевозочных документов за свой счет.
 Опять проблемы не наблюдаю, чтобы получить компенсацию после приказа об увольнении или после исключения.