Maxoma,
правила исчисления выслуги для ПНВЛ (в том числе со льготами) определены Постановлением Правительства РФ 2011 г. № 1074
что касается льготного исчисления выслуги там записано так:
7. Периоды военной службы, подлежащие зачету в выслугу лет на льготных условиях, исчисляются со дня вступления в соответствующую воинскую должность и по день освобождения от исполнения обязанностей по этой воинской должности включительно с учетом времени нахождения в отпуске, служебной командировке, на лечении или обучении по специальности без освобождения от воинской должности по месту военной службы.
При этом периоды военной службы в текущем году на воинских должностях, по которым предусмотрено исчисление выслуги лет на льготных условиях, засчитываются в выслугу лет в календарном исчислении, а по окончании года выслуга лет за истекший год при наличии оснований для исчисления ее на льготных условиях пересчитывается и объявляется приказом командира воинской части.
8. В случае получения военнослужащим в период военной службы на воинской должности, по которой предусмотрено исчисление выслуги лет на льготных условиях, тяжелого увечья (травмы, контузии) при совершении полетов на самолетах, прыжков с парашютом, нахождении в плавании, год, в котором получено это увечье (травма, контузия), засчитывается военнослужащему в выслугу лет как полный год на льготных условиях.
9. В случае назначения военнослужащих до окончания года на воинские должности, по которым льготное исчисление выслуги лет не предусмотрено, направления на обучение с освобождением от воинских должностей по месту военной службы, перевода в другой федеральный орган исполнительной власти или увольнения с военной службы выслуга лет пересчитывается непосредственно при назначении на такие должности, перед направлением на обучение, переводом или увольнением с военной службы. При этом в документы, подтверждающие выслугу лет, вносятся соответствующие изменения, а если надбавка за отдельные месяцы года подлежала выплате в большем размере, чем она фактически выплачивалась, военнослужащему выплачивается соответствующая разница.
Исходя из п.7 Правил вижу только одну возможность исключить время из льготной выслуги от крайнего полета до списания с летной работы (т.е. до перевода с летной должности - на иную) - нахождение на обучении по специальности, которая не связана с летной работой.